Η Ιερά Μονή Προφήτη Ηλία έγινε αυτοτελής επί των ήμερων του ιερομόναχου Καλλίστου, το έτος 1720, ενώ μέχρι τότε ήταν μετόχιο της Μονής Ρωγών. Η προσφορά της Μονής προς τους υπόδουλους χριστιανούς της περιοχής υπήρξε ανεκτίμητη στην διάρκεια της Τουρκοκρατίας.
Απ' αυτό εξηγούνται και όσα υπέστη από τους κατακτητές.Αναφέρεται, μάλιστα, ότι ο Μουχτάρ πασάς, γιος του τυράννου της Ηπείρου Αλή, συνέλαβε χωρίς λόγο τον ηγούμενο της Διονύσιο Α', άνδρα ενάρετο καί σεβάσμιο, και τον βασάνισε. Στη διάρκεια του ελληνοτουρκικού πολέμου του 1897 η Μονή υπέστη σοβαρές καταστροφές, για την επανόρθωση των οποίων σπουδαίως εκοπίασε ο Ιερεύς Νικόλαος από το Ριζοβούνι. Την χαριστική βολή όμως έδωσαν σ' αυτήν οι δυνάμεις Κατοχής (1943-44), που πυρπόλησαν τα κτίσματά της, επειδή αποτελούσε κέντρο εθνικής αντιστάσεως της περιοχής. Εκ θαύματος σώθηκε το περίφημο Καθολικό με το αξιόλογο γλυπτό πέτρινο τέμπλο του.
Επί των ημερών του Μητροπολίτου Νικοπόλεως και Πρεβέζης κ. Μελετίου, η Μονή μεταφέρθηκε σε ανεργεθέν εκ θεμελίων νέο κτιριακό συγκρότημα στο Δημοτικό Διαμέρισμα της Νέας Σινώπης του Δήμου Ζαλόγγου και κοντά στην πρώην κοινότητα Φλάμπουρα.
Έπανδρώθηκε με 23 μοναχούς και ιερομόναχους, οι πλείστοι των οποίων διακονούν ποικιλοτρόπως και στο ιεραποστολικό και πνευματικό έργο της Μητροπόλεως, υπό το ηγούμενο τους αρχιμ. 'Εφραίμ Τουμπέκη. Η Ιερά Μονή Προφήτου Ήλιου υπάγεται στην Ιερά Μητρόπολη Νικοπόλεως καί Πρεβέζης.Η Μονή επί του παρόντος δεν διαθέτει ξενώνα. Κάθε Δευτέρα και Πέμπτη παραμένει κλειστή.